Факультет сотрудничает с региональными организациями (Департамент правительства Вологодской области – образования, здравоохранения, культуры, природных ресурсов, Русским географическим обществом, историко-архитектурным и художественным музеем – заповедником, лабораторией ГосНИОРХа, национальным парком «Русский Север», АОУ ДОД ВО «Региональным центром дополнительного образования детей»), с научно-исследовательскими институтами РАН (общей генетики – г. Москва, молекулярной генетики – г. Москва, водных проблем Севера – г. Петрозаводск; озероведения – г. Санкт-Петербург; экологических проблем Севера – г. Архангельск, палеонтологии – г. Москва, физиологии растений им. Тимирязева – г. Москва), вузами страны (Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова, Российский государственный педагогический университет им. А.И. Герцена, Сыктывкарский государственный университет – г. Сыктывкар; Государственный НИИ озерного и речного хозяйства – г. Санкт-Петербург, Петрозаводский государственный университет – г. Петрозаводск, Московская сельскохозяйственная академия им. Тимирязева – г. Москва и др.).

Все публикуемые на официальном сайте ВоГУ фото- и видеоматериалы размещены с согласия обучающихся, работников и сторонних лиц, принимающих участие в мероприятиях, организуемых университетом.